Το ΚΥΣΕΑ ενέκρινε στις 28 Ιουλίου 2000 την υλοποίηση προγράμματος «για την προμήθεια 36 μέσων μεταφορικών και υγειονομικών ελικοπτέρων μαζί με 6 έως 12 ελικόπτερα ειδικών επιχειρήσεων» προκειμένου να καλυφθεί η επιχειρησιακή απαίτηση του ΓΕΣ για «δυνατότητα αερομεταφοράς 1.300 ανδρών, σε μία διαδρομή, από μικτό στόλο CH-47D Chinook και μεταφορικών ελικοπτέρων νέας γενιάς». Στις 29 Αυγούστου 2003 ανατέθηκε σύμβαση αξίας 657.523.069 € στην κοινοπραξία NH Industries για την προμήθεια 20 Ε/Π ΝΗ90, εκ των οποίων 16 μεταφορικά και 4 διαμόρφωσης ειδικών επιχειρήσεων, μαζί με 4 υγειονομικές συλλογές, εξοπλισμό συντήρησης και ανταλλακτικά αρχικής υποστήριξης, με δικαίωμα προαίρεσης για 14 επιπλέον Ε/Π (12 μεταφορικά και 2 ειδικών επιχειρήσεων).
Στην διαμόρφωση ειδικών επιχειρήσεων του ΕΣ, το NH-90 ενσωματώνει ραντάρ καιρού, ολοκληρωμένο σύστημα νυχτερινής όρασης και πτήσης (FLIR και προβολικά επί κάσκας), σύστημα προειδοποίησης προσέγγισης εμποδίων και βαρούλκο διασώσεως για ανύψωση φορτίου 270 κιλών.
Τα προβλήματα στις παραδόσεις
Αν και οι παραδόσεις των ελικοπτέρων έπρεπε να ξεκινήσουν με 7 μονάδες το 2006 για να ακολουθήσουν 5 το 2007, 6 το 2008 και τα τελευταία 2 το πρώτο εξάμηνο του 2009, οκτώ χρόνια μετά την υπογραφή της σύμβασης (2002) ο ελληνικός στρατός δεν διέθετε κανένα από αυτά σε υπηρεσία. Αιτία ήταν οι τεχνικές παρατηρήσεις που έφτασαν τις 200 και σε αυτές περιλαμβάνεται η ενσωμάτωση φιλτροδιαχωριστών άμμου, η τοποθέτηση όμως των οποίων σύμφωνα με την κατασκευάστρια εταιρεία θα επιβαρυνόταν ο πελάτης.
Στις 5 Αυγούστου 2010 υπεγράφη η τρίτη κατά σειρά τροποποίηση της αρχικής σύμβασης, στην οποία εξετάστηκαν τα προβλήματα που αντιμετώπιζε η κοινοπραξία NHI στην ολοκλήρωση της ανάπτυξης των Ε/Π και συμφωνήθηκε η παραλαβή των πρώτων 4 Ε/Π Αρχικής Επιχειρησιακής Ικανότητας (IOC+), η μετατόπιση του χρονοδιαγράμματος παραδόσεων, η μείωση του πληρωτέου ποσού κατά 70.030.540 €, η χορήγηση πίστωσης ύψους 20 εκατ. € για υλικά και υπηρεσίες εν συνεχεία υποστήριξης, η παροχή πρόσθετων υλικών-υπηρεσιών εκτιμώμενης αξίας 30 εκατ. € ενώ έγινε παρακράτηση ύψους 1,2 εκατ. € για κάθε ένα από τα πρώτα 4 Ε/Π μέχρι την ολοκλήρωση των εργασιών μετασκευής τους σε Πλήρους Επιχειρησιακής Ικανότητας (FOC). Tα πρώτα δύο Ε/Π ΝΗ90 αφίχθησαν στις 7 Ιουνίου 2011 στο αεροδρόμιο Μεγάρων και εντάχθηκαν στο 2ο Τάγμα Ελικοπτέρων Αεροπορίας Στρατού.
Στο 15ο ελικόπτερο ενσωματώνονται όλες οι τροποποιήσεις που έχει εκδόσει ο κατασκευαστής υπό τύπον τεχνικών οδηγιών, οι οποίες θα πρέπει να γίνουν και στα 14 ελικόπτερα που έχουν παραδοθεί ήδη. Θα πρέπει να σημειωθει ότι τα 4 πρώτα NH-90 που παρέλαβε η Αεροπορία Στρατού ήταν Αρχικής Επιχειρησιακής Ικανότητος + (IOC+), κάτι που σημαίνει ότι τα καθηλωμένα εδώ και χρόνια ελικόπτερα θα πρέπει να μεταφερθούν στην Γαλλία προκειμένου να υποβληθούν στις σχετικές εργασίες. Μεταξύ των τροποποιήσεων, περιλαμβάνονται αλλαγές σε κεραίες ασυρμάτων και δομικές ενισχύσεις στο δάπεδο με πιο πυκνές δομικές κυψέλες (honeycomb).