Στις 19 Φεβρουαρίου του 1947 η Μακρόνησος μετατράπηκε σε τόπο μαρτυρίου και εξορίας
Mόλις 2,5 ναυτικά μίλια από το Λαύριο, σε ένα τόπο ακατοίκητο γράφτηκε με μελανά χρώματα το πιο σκοτεινό κεφάλαιο της ελληνικής ιστορίας.
Σαν σήμερα, στις 19 Φεβρουαρίου του 1947, η Μακρόνησος μετατρέπεται επίσημα σε τόπο εξορίας. «Αναρρωτήριο ψυχών», «εθνική κολυμβήθρα» ήταν μερικά από αυτά που γράφτηκαν εκείνη την εποχή από τους εκπροσώπους του ολοκληρωτισμού. 
Η λειτουργία του στρατοπέδου συγκέντρωσης στη Μακρόνησο ξεκίνησε μετά από εισήγηση του Γενικού Επιτελείου Στρατού προς το υπουργείο Στρατιωτικών και έγινε ο μεγαλύτερος τόπος μαρτυρίου, φυσικής και ψυχικής εξόντωσης αλλά και σύμβολο αγώνα και πάλης.
Συνολικά από το νησί πέρασαν πάνω από 100.000 οπλίτες, αξιωματικοί και πολίτες και σύμφωνα με τα επίσημα στοιχεία πέθαναν στην Μακρόνησο 120 άτομα αν και υπάρχουν μαρτυρίες για πολύ μεγαλύτερο αριθμό νεκρών.
Ο σκοπός της λειτουργίας του στρατοπέδου περιγράφονταν στο αρχικό εισηγητικό σημείωμα που εκδόθηκε την πρωταπριλιά του 1946: «Αποφασίζεται ο περιορισμός των αριστερών στρατευσίμων εις ορισμένα στρατόπεδα δια να υποστούν αποτοξίνωσιν. Όλες οι στρατιωτικές μονάδες δέον όπως εκκαθαρισθούν από αριστερίζοντες ή υπόπτους αριστερισμού».
Μέχρι το 1958, οπότε κι έκλεισε το στρατόπεδο, χιλιάδες κομμουνιστές, αριστεροί, αλλά και απλοί δημοκρατικοί φαντάροι βασανίστηκαν σωματικά και ψυχολογικά ή εξοντώθηκαν βιολογικά, για τον ιερό σκοπό της «εθνικής αναβάπτισης».
Όσοι δεν υπέγραφαν δήλωση μετάνοιας μεταφέρονταν στη χαράδρα του Α΄ ΕΤΟ κι από εκεί πέρναγαν στρατοδικείο. Όσοι υπέγραφαν, για να αποδείξουν την ανάνηψή τους, τους έβαζαν πέτρες στα χέρια και τους διέταζαν να λιθοβολήσουν τους αμετανόητους.
Ανάμεσα στους εξορισμένους ήταν ο Μίκης Θεοδωράκης, ο Θανάσης Βέγγος, ο Νίκος Κούνδουρος, ο Γιάννης Ρίτσος, Ηλίας Βενέζης, Μάνος Κατράκης…
Τόπος βαμμένος με αίμα
Κατά τη διάρκεια των βαλκανικών πολέμων στην Μακρόνησο στάλθηκαν χιλιάδες τούρκοι αιχμάλωτοι. Από τον Νοέμβριο του 1912 αρχίζει η μεταφορά κυρίως αιχμαλώτων Ιωαννίνων, πολλοί από αυτούς ήταν ήδη καταπονημένοι και ασθενείς με πνευμονία και δυσεντερία.
Στη Μακρόνησο εκατοντάδες τάφοι Τούρκων βρέθηκαν το 1948 κατά την κατασκευή στρατοπέδου, σύμφωνα με τη μαρτυρία των τότε εξορίστων. Μετά την υπογραφή της ελληνοτουρκικής συνθήκης την 1η Νοεμβρίου 1913, μέσα σε ένα δεκαπενθήμερο φεύγουν για την Κωνσταντινούπολη γύρω στις 10.000 αιχμάλωτοι.
Στις 10 Ιουνίου 1922 αποφασίζεται η μεταφορά και προσωρινή εγκατάσταση στη Μακρόνησο των προσφύγων από τον Πόντο, οι οποίοι είχαν αρχίσει να φτάνουν από την άνοιξη του ίδιου έτους στην Ελλάδα.
Το 1931 η Μακρόνησος προτείνεται ως χώρος συγκέντρωσης των κομμουνιστών. Το 1935 αναφέρεται στον Τύπο πως αποφασίστηκε να μεταφέρονται εκεί οι εκτοπιζόμενοι κομμουνιστές, για την αποφυγή του κινδύνου μετάδοσης των ιδεών τους στα νησιά του Αιγαίου.
Εξόντωση χιλιάδων κρατουμένων
Η δημιουργία των στρατοπέδων της Μακρονήσου συνδέεται με την «εκκαθάριση» του στρατού από «ύποπτους» στρατιώτες και αξιωματικούς, ώστε να διαφυλαχθεί το αξιόμαχο του Εθνικού Στρατού που πολεμούσε εκείνη την εποχή κατά του Δημοκρατικού Στρατού Ελλάδας.
Οι στρατιώτες του Β΄ Τάγματος ήταν οι πρώτοι που έφτασαν στη Μακρόνησο στις 28 Μαΐου 1947 και τους δύο επόμενους μήνες μεταφέρθηκαν στο νησί και τα δύο άλλα τάγματα.
Η πρώτη είδηση από το άνοιγμα της Μακρονήσου δημοσιεύτηκε στο «Ριζοσπάστη», στις 4 Ιούνη 1947, με τίτλο «Εξόριστοι Φαντάροι». Ηταν μια σύντομη είδηση: «Οικογένειες δημοκρατικών στρατιωτών, που μεταφέρθηκαν από το Στρατόπεδο Συγκέντρωσης του Πόρτο Ράφτη στο βράχο που λέγεται Μακρονήσι , πήραν από κει δραματικές εκκλήσεις των παιδιών τους. Οι φαντάροι ζητούν να τους στείλουν έστω και λίγη σταφίδα ή λίγο ψωμί. Αυτό δείχνει πως εκτός από τα άλλα κινδυνεύουν άμεσα από την πείνα. Θα φτάσει στο σημείο η κυβέρνηση του αίματος να εξοντώσει με την πείνα ομαδικά εκατοντάδες στρατευμένα παιδιά του λαού; Ο υπουργός των Στρατιωτικών που ευθύνεται ιδιαίτερα για τη ζωή των εξορίστων στρατιωτών έχει υποχρέωση να διατάξει ανακρίσεις για το καθεστώς που έχει επιβληθεί στο Μακρονήσι»
Γενικά, η ιστορία της Μακρονήσου ως τόπου εξορίας μπορεί να διαιρεθεί σε τρεις περιόδους: Η πρώτη είναι η περίοδος από την ίδρυση του στρατοπέδου μέχρι την άνοιξη του 1949, κατά την οποία στο επίκεντρο της βίαιης «αναμόρφωσης» βρέθηκαν κυρίως στρατιώτες και αξιωματικοί, η δεύτερη είναι η περίοδος από την άνοιξη του 1949 μέχρι το καλοκαίρι του 1950, κατά την οποία συγκεντρώνεται στη Μακρόνησο ένας διαρκώς αυξανόμενος αριθμός πολιτών (προληπτικώς συλληφθέντες, άνδρες και γυναίκες πολιτικοί εξόριστοι) και η τρίτη εκτείνεται από το καλοκαίρι του 1950 μέχρι το κλείσιμο των στρατοπέδων, όταν στη Μακρόνησο λειτουργούν οι Στρατιωτικές Φυλακές Αθηνών (ΣΦΑ) και τα στρατόπεδα μόνο για «ύποπτους» στρατιώτες, με συγκριτικά καλύτερες συνθήκες.
Το 1961 έφυγαν και οι τελευταίοι…
Η αντίστροφη μέτρηση για τα στρατόπεδα της Μακρονήσου ξεκίνησε το 1950. Ο Εμφύλιος πόλεμος είχε σταματήσει τον Αύγουστο του 1949, όμως τα στρατόπεδα της Μακρονήσου συνέχιζαν να λειτουργούν, ο αριθμός των κρατουμένων διαρκώς διογκωνόταν και οι καταγγελίες στις εφημερίδες για τις συνθήκες που επικρατούσαν εκεί πολλαπλασιάζονταν. 
Μετά τις εκλογές της 5ης Μαρτίου 1950 και την ανάληψη της πρωθυπουργίας από τον Νικόλαο Πλαστήρα, η κυβέρνηση προχώρησε στην αλλαγή διοίκησης του στρατοπέδου με την τοποθέτηση του υποστράτηγου Παπαγιαννόπουλου και στον δραστικό περιορισμό της λειτουργίας των στρατοπέδων.
Το αποφασιστικό βήμα έγινε το καλοκαίρι του 1950, όταν οι χιλιάδες πολιτικοί εξόριστοι μεταφέρθηκαν από τη Μακρόνησο στον Άγιο Ευστράτιο (οι άνδρες) και το Τρίκερι (οι γυναίκες). Τα στρατόπεδα συνέχισαν να λειτουργούν μέχρι το 1957, ενώ στη συνέχεια και μέχρι τον Οκτώβριο του 1960 λειτουργούσαν μόνο οι στρατιωτικές φυλακές. Τον Φεβρουάριο του 1961 οι τελευταίοι στρατιώτες που φρουρούσαν τις εγκαταστάσεις εγκατέλειψαν τη Μακρόνησο.
Το 2019 με απόφαση του ΚΑΣ η Μακρόνησος ανακηρύχθηκε αρχαιολογικός χώρος.
