Σύμφωνα με την ισχύουσα νομοθεσία, η ετήσια επιχορήγηση των δημοσίων Πανεπιστημίων καθορίζεται τα τελευταία τρία έτη κατά 80% βάσει αντικειμενικών κριτηρίων (ενδεικτικά: αριθμός φοιτητών, προγραμμάτων σπουδών κ.λπ) και κατά 20% από μια σειρά ποιοτικών δεικτών (π.χ. εξωστρέφεια, διάχυση αποτελεσμάτων έρευνας κ.λπ).
Το Ιόνιο Πανεπιστήμιο, με σταθερή δέσμευση στην επένδυση στην ποιότητα έχει καταφέρει κατά την τελευταία τριετία να βελτιώσει σημαντικά τους ανωτέρω ποιοτικούς δείκτες, επιτυγχάνοντας διαδοχική αύξηση της χρηματοδότησής του. Έτσι, για δεύτερη συνεχόμενη χρονιά η βελτιωμένη θέση κατάταξης του Ιδρύματος με βάση τους ποιοτικούς δείκτες απέφερε και για το 2024 αύξηση του προϋπολογισμού για λειτουργικές δαπάνες κατά 12,4% σε σχέση με το 2023, τιμή μεγαλύτερη του 9% που αντιστοιχεί στην συνολική αύξηση των προϋπολογισμών όλων των Α.Ε.Ι. της χώρας για το τρέχον οικονομικό έτος. Σημειώνεται επίσης ότι το ύψος του φετινού προϋπολογισμού είναι κατά 39,5% μεγαλύτερο σε σχέση με τον προϋπολογισμό του οικονομικού έτους 2019.
Παρά τις διαδοχικές αυξήσεις της δημόσιας ετήσιας επιχορήγησης και τις διαρκείς προσπάθειες του Ιδρύματος προς την κατεύθυνση αυτή, το ύψος της εξακολουθεί να καλύπτει οριακά πάγιες και ανελαστικές κατηγορίες δαπανών, σε ένα οικονομικό περιβάλλον με διαρκείς ανατιμήσεις και σημαντικές πρόσθετες επιβαρύνσεις για παράδειγμα στον τομέα της ενέργειας. Ενδεικτικά αναφέρεται ότι ο φετινός αυξημένος προϋπολογισμός υπολείπεται κατά 42% σε σχέση με την αντίστοιχη επιχορήγηση του έτους 2009, με το Ιόνιο Πανεπιστήμιο σήμερα να διαθέτει 10 εν λειτουργία ακαδημαϊκά Τμήματα (6 το έτος 2009).
Οι συγκεκριμένες οικονομικές συνθήκες στις οποίες το Ιόνιο Πανεπιστήμιο καλείται να λειτουργήσει, ταυτόχρονα με την συρρίκνωση των μεγεθών του ανθρώπινου δυναμικού του, καθίσταται σαφές ότι λειτουργούν ως τροχοπέδη στην υλοποίηση της αναπτυξιακής ακαδημαϊκής στρατηγικής του, συμπεριλαμβανομένης και της ποσοτικής και ποιοτικής ενίσχυσης των υπηρεσιών φοιτητικής μέριμνας.
