Η Νέα Δημοκρατία χάνει τις εκλογές του Ιουνίου του 1985, ανεβάζοντας όμως το ποσοστό της. Λόγω του αρνητικού αποτελέσματος, ο Κωνσταντίνος Μητσοτάκης ζητά την ανανέωση της εμπιστοσύνης από την Κοινοβουλευτική Ομάδα του κόμματος στις 24 Αυγούστου της ίδιας χρονιάς. Πέντε μέρες αργότερα επανεκλέγεται στην ηγεσία του κόμματος. Ο Κωστής Στεφανόπουλος διαφωνεί με τη διαδικασία και αποχωρεί για να ιδρύσει τη ΔΗΑΝΑ, το κόμμα της Δημοκρατικής Ανανέωσης.
Ο Κωνσταντίνος Μητσοτάκης θα παραμείνει στην ηγεσία της Νέας Δημοκρατίας έως τον Οκτώβριο του 1993, όταν θα χάσει τις εκλογές από το ΠΑΣΟΚ του Ανδρέα Παπανδρέου. Στις 14 Οκτωβρίου θα παραιτηθεί από την ηγεσία του κόμματος και στις 3 Νοεμβρίου η Κοινοβουλευτική Ομάδα θα εκλέξει νέο αρχηγό τον «καραμανλικό» Μιλτιάδη Έβερτ με 141 ψήφους, έναντι 37 ψήφων του επίσης «καραμανλικού» Ιωάννη Βαρβιτσιώτη.
Το κόμμα χάνει τις δεύτερες κατά σειράν εκλογές του 1996 από το ΠΑΣΟΚ του Κώστα Σημίτη και παραμένει στην αντιπολίτευση. Ο Μιλτιάδης Έβερτ παραιτείται και δηλώνει πως δεν θα διεκδικήσει την ηγεσία του κόμματος, απόφαση που αργότερα ανακαλεί. Στις 4 Οκτωβρίου 1997 επικρατεί αρχικά του Γιώργου Σουφλιά με ψήφους 103 έναντι 84, αλλά λόγω της εσωκομματικής κρίσης που έχει ξεσπάσει, υποχρεούται να συγκαλέσει έκτακτο συνέδριο του κόμματος, το Μάρτιο του 1997. Είναι η πρώτη φορά που το συνέδριο της Νέας Δημοκρατίας καλείται να εκλέξει νέο αρχηγό. Θα επικρατήσει ένας νέος ηλικιακά υποψήφιος, ο βουλευτής Α’ Θεσσαλονίκης και ανιψιός του ιδρυτή, Κώστας Καραμανλής, που θα επικρατήσει των ανθυποψηφίων του Μιλτιάδη Έβερτ και Γιώργου Σουφλιά.
Υπό την ηγεσία του Κώστα Καραμανλή το κόμμα θα επανέλθει στην εξουσία στις 7 Μαρτίου 2004 και θα κερδίσει και τις εκλογές της 16ης Σεπτεμβρίου 2007. Υπό το βάρος των σκανδάλων, της τραγικής κατάστασης της οικονομίας και της απειλής του προέδρου του ΠΑΣΟΚ για πρόωρη προσφυγή στις κάλπες λόγω της προεδρικής εκλογής, ο πρωθυπουργός Κώστας Καραμανλής προκηρύσσει εκλογές για τις 4 Οκτωβρίου 2009, τις οποίες θα χάσει πανηγυρικά από το ΠΑΣΟΚ του Γιώργου Παπανδρέου. Το ίδιο βράδυ ανοίγει την κούρσα της διαδοχής του και στις 6 Νοεμβρίου το έκτακτο συνέδριο του κόμματος αποφασίζει για πρώτη φορά ο έβδομος κατά σειρά αρχηγός του κόμματος της Νέας Δημοκρατίας να εκλεγεί από τα μέλη του κόμματος.
Στις ανοιχτές εσωκομματικές εκλογές της 29ης Νοεμβρίου 2009 ο Αντώνης Σαμαράς εκλέγεται πανηγυρικά αρχηγός του κόμματος με το 50,06% των ψήφων, έναντι 39,72% της Ντόρας Μπακογιάννη και 10,22% του Παναγιώτη Ψωμιάδη. Η αποχώρηση του Δημήτρη Αβραμόπουλου από την προεκλογική κούρσα ήταν αυτή που έγειρε την πλάστιγγα υπέρ του Αντώνη Σαμαρά.
Η Νέα Δημοκρατία θα παραμείνει στην αντιπολίτευση έως τις 11 Νοεμβρίου 2011, οπότε θα επανέλθει στην εξουσία, στηρίζοντας τη μεταβατική κυβέρνηση του Λουκά Παπαδήμου, μαζί με το ΠΑΣΟΚ και το ΛΑΟΣ. Τα δύο αυτά χρόνια η «γαλάζια παράταξη» στάθηκε απέναντι στο «Μνημόνιο» και αντιμετώπισε ουκ ολίγες κρίσεις, με αποκορύφωμα τη διαγραφή της Ντόρας Μπακογιάννη στις 6 Μαΐου 2010, επειδή πήγε κόντρα στην κομματική γραμμή και ψήφισε τη δανειακή σύμβαση.
Στις εκλογές της 6ης Μαΐου 2012 αναδείχθηκε πρώτο κόμμα, αλλά με το μικρότερο ποσοστό της ιστορίας της (18,85%). Στις νέες εκλογές της 17ης Ιουνίου 2012 ανέβασε κατά πολύ τις δυνάμεις της (29,66%) και ο αρχηγός της, Αντώνης Σαμαράς, ανέλαβε την πρωθυπουργία στις 20 Ιουνίου 2012, επικεφαλής τρικομματικής κυβερνήσεως (ΝΔ, ΠΑΣΟΚ, ΔΗΜΑΡ). Στις 21 Ιουνίου 2013 η ΔΗΜΑΡ αποχώρησε από την κυβέρνηση Σαμαρά, η οποία έμεινε με δύο εταίρους (ΝΔ, ΠΑΣΟΚ).
Η μη εκλογή Προέδρου της Δημοκρατίας από τη Βουλή, προκάλεσε τη διενέργεια εκλογών στις 25 Ιανουαρίου 2015, τις οποίες κέρδισε ο ΣΥΡΙΖΑ του Αλέξη Τσίπρα. Η Νέα Δημοκρατία μετά από δυόμιση χρόνια στην εξουσία κατέλαβε τη θέση της αξιωματικής αντιπολίτευσης και η ηγεσία Σαμαρά αμφισβητήθηκε έντονα από σημαίνοντα στελέχη του κόμματος. Τελικά, ο Αντώνης Σαμαράς παραιτήθηκε το βράδυ της 5ης Ιουλίου 2015, μετά την ήττα του «ΝΑΙ», που υποστήριξε και η Νέα Δημοκρατία, στο δημοψήφισμα που προκήρυξε η κυβέρνηση Τσίπρα. Προσωρινός πρόεδρος του κόμματος ανέλαβε ο βουλευτής και τέως Πρόεδρος της Βουλής Ευάγγελος Μεϊμαράκης.
Μετά την ήττα της Νέας Δημοκρατίας στις εκλογές της 20ης Σεπτεμβρίου, τέθηκαν σε κίνηση οι διαδικασίες για την εκλογή νέου προέδρου του κόμματος. Οι υποψήφιοι ήταν τέσσερις: Οι βουλευτές Ευάγγελος – Βασίλειος Μεϊμαράκης, Κυριάκος Μητσοτάκης, Σπυρίδων – Άδωνις Γεωργιάδης και ο αιρετός περιφερειάρχης Κεντρικής Μακεδονίας, Απόστολος Τζιτζικώστας. Ο πρώτος γύρος των εσωκομματικών εκλογών ήταν προγραμματισμένος για τις 22 Νοεμβρίου 2015, αλλά δεν έγινε λόγω αστοχίας του ηλεκτρονικού συστήματος ψηφοφορίας. Έτσι, ο πρώτος γύρος ορίστηκε για τις 20 Δεκεμβρίου και ο επαναληπτικός στις 10 Ιανουαρίου 2016. Από τις 23 Νοεμβρίου μεταβατικός πρόεδρος της Νέας Δημοκρατίας ανέλαβε ο βουλευτής Γιάννης Πλακιωτάκης στη θέση του παραιτηθέντος Ευάγγελου Μεϊμαράκη.
Στον πρώτο γύρο (20 Δεκεμβρίου 2015) κανένας από τους τέσσερις υποψηφίους δεν κατάφερε να συγκεντρώσει την απόλυτη πλειοψηφία (50% + 1) και η ψηφοφορία επαναλήφθηκε στις 10 Ιανουαρίου 2016 μεταξύ των δύο πρώτων σε ψήφους Ευάγγελου Μεϊμαράκη και Κυριάκου Μητσοτάκη, που έκανε την έκπληξη και πλασαρίστηκε δεύτερος. Ο Κυριάκος Μητσοτάκης επικράτησε του συνυποψηφίου του και αναδείχθηκε πρόεδρος της Νέας Δημοκρατίας.
Στις 7 Ιουλίου 2019, η Νέα Δημοκρατία κέρδισε με αυτοδυναμία τις εθνικές εκλογές και ο Κυριάκος Μητσοτάκης ορκίστηκε πρωθυπουργός της Ελλάδας. Η Νέα Δημοκρατία επικράτησε και στις διπλές εκλογές της 21ης Μαΐου και 25ης Ιουνίου 2023 και ο Κυριάκος Μητσοτάκης ανέλαβε εκ νέου την πρωθυπουργία της χώρας στις 26 Ιουνίου 2023.